fix: 修复codex review发现的问题

问题1 - 行锁持有时间过长：
- 采用双重检查锁定模式，将HTTP调用移到锁范围外
- 新增 _update_knowledge_set_config 方法专门处理加锁更新

问题2 - 清理不完整：
- _list_knowledge_sets 方法添加分页参数
- 新增 _list_all_knowledge_sets 方法遍历所有知识集
- 清理方法使用新的全量查询方法

问题3 - 文件删除逻辑可能误删：
- deleteKnowledgeItemFile 方法增加严格的 sourceType 检查
- 只有当 sourceType 为 FILE_UPLOAD 或 MANUAL 时才删除文件
- 避免误删 DATASET_FILE 类型的数据集文件

涉及文件：
- knowledge_sync.py
- KnowledgeItemApplicationService.java

backend/services/data-management-service/src/main/java/com/datamate/datamanagement/application/KnowledgeItemApplicationService.java

@@ -809,8 +809,8 @@ public class KnowledgeItemApplicationService {
         if (knowledgeItem == null) {
             return;
         }
-        if (knowledgeItem.getSourceType() == KnowledgeSourceType.FILE_UPLOAD
-                || knowledgeItem.getContentType() == KnowledgeContentType.FILE) {
+        KnowledgeSourceType sourceType = knowledgeItem.getSourceType();
+        if (sourceType == KnowledgeSourceType.FILE_UPLOAD || sourceType == KnowledgeSourceType.MANUAL) {
             String relativePath = knowledgeItem.getContent();
             if (StringUtils.isNotBlank(relativePath)) {
                 try {