diff --git a/runtime/datamate-python/alembic/versions/20250205_0001_add_file_version.py b/runtime/datamate-python/alembic/versions/20250205_0001_add_file_version.py
index b5b886a..0f151e7 100644
--- a/runtime/datamate-python/alembic/versions/20250205_0001_add_file_version.py
+++ b/runtime/datamate-python/alembic/versions/20250205_0001_add_file_version.py
@@ -4,10 +4,16 @@ Revision ID: 20250205_0001
 Revises:
 Create Date: 2025-02-05 00:00:00.000000
 
+说明：
+- 此迁移脚本用于升级旧版本数据库（使用 2025-02-05 之前的 SQL 脚本初始化）
+- 如果使用最新的 data-annotation-init.sql 初始化，此脚本会自动跳过
+  （因为 alembic_version 表已包含此版本记录）
+
 """
 
 from alembic import op
 import sqlalchemy as sa
+from sqlalchemy import inspect
 
 
 # revision identifiers, used by Alembic.
@@ -17,14 +23,45 @@ branch_labels = None
 depends_on = None
 
 
+def column_exists(table_name: str, column_name: str) -> bool:
+    """检查表中是否已存在指定列"""
+    conn = op.get_bind()
+    inspector = inspect(conn)
+    columns = [col['name'] for col in inspector.get_columns(table_name)]
+    return column_name in columns
+
+
 def upgrade() -> None:
+    """
+    升级：添加 file_version 字段到 t_dm_annotation_results 表
+    
+    兼容性处理：
+    - 如果字段已存在（使用最新 SQL 脚本初始化），则跳过
+    - 如果字段不存在（旧版本数据库），则添加字段
+    """
+    if column_exists("t_dm_annotation_results", "file_version"):
+        # 字段已存在，说明使用的是最新 SQL 初始化脚本
+        # Alembic 会自动记录版本，无需重复添加字段
+        print("字段 file_version 已存在，跳过添加操作（使用最新 SQL 脚本初始化）")
+        return
+    
+    # 字段不存在，添加字段（旧版本数据库升级）
     op.add_column(
         "t_dm_annotation_results",
         sa.Column(
             "file_version", sa.BigInteger(), nullable=True, comment="标注时的文件版本号"
         ),
     )
+    print("成功添加 file_version 字段到 t_dm_annotation_results 表")
 
 
 def downgrade() -> None:
-    op.drop_column("t_dm_annotation_results", "file_version")
+    """
+    回滚：删除 file_version 字段
+    
+    注意：如果使用的是最新 SQL 脚本初始化，回滚此迁移不会删除字段
+    因为字段是初始结构的一部分
+    """
+    if column_exists("t_dm_annotation_results", "file_version"):
+        op.drop_column("t_dm_annotation_results", "file_version")
+        print("成功删除 file_version 字段")
diff --git a/scripts/db/data-annotation-init.sql b/scripts/db/data-annotation-init.sql
index f5c3f03..1d381da 100644
--- a/scripts/db/data-annotation-init.sql
+++ b/scripts/db/data-annotation-init.sql
@@ -66,6 +66,7 @@ CREATE TABLE IF NOT EXISTS t_dm_annotation_results (
     file_id VARCHAR(36) NOT NULL COMMENT '文件ID',
     annotation JSON NOT NULL COMMENT 'Label Studio annotation 原始JSON',
     annotation_status VARCHAR(32) NOT NULL DEFAULT 'ANNOTATED' COMMENT '标注状态: ANNOTATED/NO_ANNOTATION/NOT_APPLICABLE',
+    file_version BIGINT NULL COMMENT '标注时的文件版本号',
     created_at TIMESTAMP NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP COMMENT '创建时间',
     updated_at TIMESTAMP DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP COMMENT '更新时间',
     UNIQUE KEY uk_project_file (project_id, file_id),
@@ -1466,8 +1467,27 @@ INSERT INTO t_dm_annotation_templates (
     '1.0.0'
 );
 
+-- =============================================
+-- Alembic 版本控制表（标记数据库已应用最新迁移）
+-- 说明：如果使用此脚本初始化数据库，则不需要再运行 Alembic 升级
+-- =============================================
+
+-- 创建 alembic_version 表（如果不存在）
+CREATE TABLE IF NOT EXISTS alembic_version (
+    version_num VARCHAR(32) NOT NULL PRIMARY KEY
+) COMMENT='Alembic 迁移版本记录表';
+
+-- 清除现有版本记录（避免重复插入错误）
+DELETE FROM alembic_version;
+
+-- 插入当前最新版本（与 alembic/versions/20250205_0001_add_file_version.py 对应）
+INSERT INTO alembic_version (version_num) VALUES ('20250205_0001');
+
 -- =============================================
 -- 完成提示
 -- =============================================
 SELECT CONCAT('成功插入 ', COUNT(*), ' 个内置标注模板') AS result
 FROM t_dm_annotation_templates WHERE built_in = 1;
+
+SELECT CONCAT('数据库已初始化至 Alembic 版本: ', version_num) AS alembic_status
+FROM alembic_version;